На протяжении своей истории ВНИИОК был лидером аграрной науки в РФ и за ее пределами. Он был создан в 1932 году в Ставрополе, в регионе, наиболее благоприятном для развития тонкорунного овцеводства.
На сегодняшний день главная задача института — научное обеспечение отечественного АПК. Разработки ученых ВНИИОК внедряются более чем в 40 племенных хозяйствах Ставропольского края, а также в СКФО, ЮФО, Забайкальском, Алтайском краях и в Республике Марий Эл. За последние годы учеными созданы четыре породы овец, сорт кормовой культуры, семь заводских типов овец, три заводских типа коз, один заводской тип и шесть заводских линий свиней, один заводской тип мясного скота. Получено более 60 патентов на изобретения и технические средства для животноводства и кормопроизводства. В институте создана уникальная опытно-экспериментальная база, где находится генофондное хозяйство молочных коз зааненской породы, единственный в Европе племрепродуктор по разведению пастушьих собак «келпи», старейший в мире генофондный банк спермы выдающихся баранов и козлов-производителей, получивший в 2017 году статус Центра коллективного пользования. «Наиболее значимым достижением последних лет является выведение ташлинской, кулундинской и западно-сибирской мясных пород овец. В 2015 году получен патент на заводской тип герефордского скота «Дмитриевский». В 2016 году выведена порода овец «Российский мясной меринос», алтайская белая пуховая порода коз, первый в РФ тип молочных коз «Марийский» зааненской породы», — комментирует директор ВНИИОК, доктор биологических наук Марина Селионова. Институт координирует исследования в овцеводстве и козоводстве в России и странах СНГ, возглавляет Межгосударственный и Российский технические комитеты по стандартизации и сертификации шерсти, имеет единственный в стране орган по сертификации шерсти. Лучшие традиции ВНИИОК сохранены во вновь созданном Северо-Кавказском федеральном научном аграрном центре, куда ВНИИОК вошел на правах филиала. С созданием нового научного центра у ученых расширились возможности проведения фундаментальных и приоритетных прикладных исследований, а также их активного внедрения по всем направлениям животноводства и кормопроизводства.